咸淡水鱼类约40种，有鲻、鮻、花鲈。其中有149种是长江特有鱼类，占长江鱼类种类数的42%。局限分布于上游的特有鱼类119种，分布于中下游的有21种，分布于全江的有9种。1988年12月10日国务院批准的《国家重点保护野生动物名录》中，9种在长江流域有分布：一级保护动物达氏鲟、中华鲟、白鲟；二级保护动物花鳗鲡、贝氏哲罗鲑、秦岭细鳞鲑、胭脂鱼、金线鲃、松江鲈鱼。

 
    长江中下游是我国重要的淡水渔业产区，长江中下游渔产量占全国淡水渔产量的60%左右。历史上淡水养殖所需的鱼苗，多取自长江，长江的草鱼、青鱼、鲢和鳙“四大家鱼”种质优良，为人工繁殖提供优质亲鱼。

    但是，随着葛洲坝、三峡大坝的建成，对长江渔业资源的影响非常大，修建的水电枢纽工程使许多特有鱼类的生存条件恶化，已处于濒危状态。中下游江河湖泊内电鱼船随处可见，湖泊和江边遍布的密眼网簖（迷魂阵）。针对这些情况建议：

 
         一、鉴于目前长江的渔业资源由于网簖等密眼网具和电、炸等非法捕捞，已遭严重破坏,需要全江禁捕10年,让资源逐渐恢复。我国2007年渔业产量为4747.5万吨,而长江的捕捞产量仅10万吨,停止长江的渔业捕捞,不会影响我国渔业的发展。

    二、恢复江湖联系、灌江纳苗：增加幼鱼索饵场和栖息地面积。

 
    三、人工增殖放流：不是人工繁殖放流（可能会给物种遗传多样性带来不利影响），应该是捕捞江中自然繁殖仔鱼培养两三个月后放流（相当于在人为干预下提高自然存活率)。可以让转产的渔民从事这方面的工作。

    四、加强珍稀水生野生动物的保护。同时应该将更多的濒危物种列为重点保护动物。